微生物的形状是由基因决定的，基于DNA测序的微生物鉴定法不仅快速，准确，而且不受细菌的培养条件和生长环境影响，对于难以实现人工培养的寄生菌和其它特殊细菌尤其有效。

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MSAP可以检测不同样本基因组DNA甲基化的差异，通过不同限制酶识别甲基差异的特性来获得差异扩增片段的一种分子标记，是AFLP方法的延伸。

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